新冠病毒研究报道及疫情进展

Remdesivir

spid 发表于 2021-10-2 08:16
老牌制药巨头公司默克周五表示，其最新研发的新冠口服药丸molnupiravir效果显著，正准备申请美国FDA的紧急 ...

嚓， 本宝宝要改名了？  
molnupiravir， 这个名字拼写比remdesivir还难， 就remdesivir这个我都记了好半天才记住， molnupiravir，磨奴皮辣味儿，磨奴皮辣味儿
molnupiravir，默写成功！

avigan

Remdesivir 发表于 2021-10-7 13:50
嚓， 本宝宝要改名了？  
molnupiravir， 这个名字拼写比remdesivir还难， 就remdesivir这个我都记了好半 ...

论坛不支持改名， 只能注册新的吧？

Remdesivir

这个主题还在置顶啊，看了一年多了， 真的审美疲劳

spid

Remdesivir 发表于 2021-10-26 21:59
这个主题还在置顶啊，看了一年多了， 真的审美疲劳

何止是置顶看得疲劳……

spid

美国辉瑞药厂（Pfizer）今天宣布与国际组织「药品专利联盟」（Medicines Patent Pool，MPP）达成协议，允许其他製药公司生产辉瑞研发的抗新冠肺炎（COVID-19）口服药「Paxlovid」，可望造福全球一半以上的人口。

spid

相关资料显示，抗体药物方面，中国目前进展最快的是BRII-196和BRII-198两种中和抗体药物。我国研发团队已经于10月9日向国家药监局滚动提交附条件上市申报材料，有望12月底前获得批准附条件上市。

Remdesivir

还没完啊， 新冠啥时候结束啊，真烦人啊， 本宝宝想要四处溜达

spid

自媒体写的一篇关于新毒株omicron的文章， 自媒体的文章一般写得比较有趣。
omicron毒株是不是像delta那样凶猛， 这个还在评估中，从非洲目前的情况来看， 这个病毒有点危险但似乎没delta那么凶猛，另外这次大家应对也比较快，但愿早点平息。

以下为文章正文：
作者：拍老师     源自：拍照稀烂的焦虑怪
小八卦一：为啥是Tom Peacock老师最先发现B.1.1.529？
——Peacock老师帅照，请品鉴：
因为……最近Peacock老师刚好在搞一个重磅paper，主要是研究免疫缺陷病例长期无法转阴的状态下，病毒体内演化的机制，所以他需要收集各种疑似长期感染的测序记录。于是他一时手贱，写了个即原始又好用的小东西，可以定期在GISAID数据库抓测序记录，然后自动跟主流毒株的突变位点（也就是Delta）作比对，只保留那些差异明显的。（因为抓东西太频繁，这逼长期担心被GISAID封号……）所以，前两天香港刚刚把B.1.1.529的记录上传上去，就被Peacock老师一把抓了个正着……然后顺势一搜，又搜到博茨瓦纳有三个匹配记录，正好，他跟Pango team的几位又是老熟人……所以当场就提交了，一点都没耽误~
不过吧，B.1.1.529这货造型如此引人瞩目，但凡它上了GISAID，就算不靠自动抓包小外挂，也会很快被发现的……毕竟那么多双眼睛盯着呢，大概率不用等到第二天。当初B.1.617那种耽误半年时间的闹剧，应该不会再重演了。
小八卦二：反应神速的南非KRISP测序团队
说到这里，咱必须大力表扬一下以Tulio de Oliveira老师为代表的南非基因测序团队。——Tulio老师帅照，请品鉴：
现在回头来看，B.1.1.529差不多是在十月底开始在南非各地冒头，然后迅速攀升。——请品鉴：
上图是南非各省通过PCR检测的SGTF特性间接确认的B.1.1.529流行率走势。或者用人话来说，就是带有刺突蛋白69/70缺失突变的PCR检测结果，在全体结果中的比例。（另外顺便说一句，2021年10月份之前的69/70缺失突变，基本都是Alpha的锅）所以B.1.1.529的病例10月底开始大量冒头，Tulio老师和NICD/KRISP从11月10号左右开始组织针对性的社区筛查，相关测序结果则在11月23日上传GISAID，恰好Peacock老师那边的小外挂也给力，他又跟Pango network背后大佬Rambaut老师挺熟，所以多方同时使劲，这口大瓜我们才能这么快吃到嘴（这句划掉）换个高情商说法：所以各国才能及时对南部非洲地区采取临时断航等措施，阻止局势糜烂（hopefully……）。从这种意义上来说，B.1.1.529的全球扩散进程，从一开始就远远不如当初Delta那么酣畅淋漓。所以，但愿，人类这次可以避开Delta当初那样的悲剧吧（天真的乡愿而已…）
毕竟，Delta那时候，印度的检测机制和病毒学界集体做大死，整整晚了5个月左右才发现B.1.617的存在，而后英国佬更是推波助澜，协助Delta快速传遍全世界……而从比烂的意义上来说，
南非虽然防疫相对拉胯，且阴间变异株也层出不穷，但在祸害全球的程度上，南非离英美巴印实在是差了八条街……
小八卦三：南部非洲可能已经全部沦陷
刚刚得到的最新悲报。B.1.1.529已经登陆埃及、比利时、以色列等地。（其中以色列的病例就是咱们家好基友Shay老师亲手给揪出来的~）——请品鉴：
更大的悲报在于，以色列一口气揪出来的这四例里面，有一例是马拉维输入的~也就是说，连马拉维这种鸟都不拉屎的小地方，B.1.1.529都已经泛滥到可以制造输出病例的地步了，这形势，各位品品？
说到这里，咱顺手再帮南非再洗一洗地得了。虽然咱常年押注全世界最大的蛊王一定是南非，但这个蛊王地位其实有两层含义，第一是大家都懂的，突破天际的HIV流行率，以及因此导致的全人口规模的免疫缺陷状态；第二点大伙儿可能没太留意——南非是整个非洲地区最大的交通枢纽之一，同时也是南部非洲劳务和商务中心。换句话说，每天都有全非洲各国人民在南非（尤其是豪登省）流动，而这些人的HIV患病率（也就是免疫缺陷比例）通常并不会比南非人低太多。所以之前南非出产的那些阴间变异株吧，有一些可能根本不是南非的锅……
举个略跑题的例子，就比如说C.1.2,当初咱都以为这货是土生土长南非种，——结果……后来演化树逐渐补完之后，脉络就慢慢变清晰了……C.1.2它压根儿就不是C.1（南非特产）的子毒株，它跟C.1隔了八条街远~这货其实是C.38（埃及特产）的好基友，（所以排资论辈的话，本来应该叫C.39才对）而且吧，C.1.2和C.38的共同祖先，最早是在皿煮刚果现身的……
所以情况就是这么一个情况，南非作为整个非洲大陆极少数勉强有能力靠着测序机制监控毒株漂变的地区，同时又是半个非洲大陆的交通枢纽和经济中心，全非洲的阴间变异株，都有可能在这儿齐聚一堂，崭露头角~
而这次的B.1.1.529，至少在前期爆发模式上，还有演化树的造型上，也有一丢丢类似的苗头。
所以咱敢豪赌5兰特啊，B.1.1.529最早的发源地，更可能是在南非和博茨瓦纳之外其他某个检测和测序双双拉胯的地方……所以，总而言之，整个南部非洲应该都悬了……
讲完小八卦，下面进入贩卖焦虑的环节吧。

焦虑一，血清表型分化
看到不少所谓的专家都还在纠结传染性和免疫逃逸能力，中外都有。naive~对于B.1.1.529来说，传染性和免疫逃逸能力已经不再重要。
这个是鲁汶大学Tom Wenseleers老师搞的毒株流行率多项式拟合，各位不妨比较一下，当初Beta取代屁民毒株时的曲线走势，以及当初Delta取代Beta时的曲线形状，再看看现如今B.1.1.529取代Delta时的曲线形状。根本就没在一个频道好不好？而且要说B.1.1.529比Delta传染性强这么多？这个恕咱暂时没法接受……
B.1.1.529这个造型吧，它反倒更像是B如入无人之境。之前的各种预存抗体免疫力统统一笔勾销。
——或者掉个书袋就是
血清型：血清型之间没有交叉抗原-抗体反应，或抗原-抗体反应的同源/异源相互滴度比大于16。请记住这个数字：滴度比16。咱暂时不说B.1.1.529，咱先说说Beta和Delta.
“delta变异株、beta变异株，以及某位长期感染病例体内演化出的变异株，分化成为不同的血清表型”

不同的血清表型可还行？
长话短说，Delta、Beta和某个HIV患者体内长期感染养出来的阴间变异株，这三者到底有没有满足血清型分化的最低标准？
Beta康复者血清 vs Delta的滴度比：12.4Delta康复者血清 vs Beta的滴度比：33.6一边超了标，另一边则差一丢丢才达到16的下限，看来这篇文章作者是标题党无疑……但是现在问题就来了，Delta和Beta的RBD结构域只差了5个突变，然后Delta和Beta已然有12.4和33.6的滴度比，那么现在Delta和B.1.1.529之间差了十几个突变，或者说不管啥毒株的RBD都跟B.1.1.529差了十几个突变……这个滴度比将会是啥造型？能不能超过16的门槛？够不够满足血清分型的硬标准？
焦虑二，免疫逃逸
昨天咱说B.1.1.529会导致市面上所有单抗无效化，居然有一堆洗地党跳出来硬杠……有啥意义呢……还是让老夫一锤子把棺材板钉死得了。下面是哈金森研究所大佬Jesse Bloom老师搞的B.1.1.529 vs RBD抗原表位深度突变扫描结果,四个抗原表位，三个全军覆没（还有一个本身就不给力……）
——或者具体到市面上的单抗产品来说,哦对了，小道消息，以色列揪出来那四个病例里头，有一位已接种三针BNT（最后一针9月份接种），还有一位已接种两针J&J（最后一针也在9月份接种）…………这可如何是好？
焦虑三，B.1.1.529的诞生模式
这个问题其实之前已经提醒过了，比如说：
[每日一焦]论神一般的变异毒株是怎样诞生的
这就是为啥咱从来就不认为印度是蛊王……一句话总结就是，想要养蛊吧，光凭人多传播猛是不够的，免疫缺陷人群的养蛊功力，一个能抵成百上千个~这个硬件差距，印度怎么追？
而关于这次的B.1.1.529，最大的焦虑之处就在于，它的上一辈毒株，是B.1.1.
这就是个弱鸡玩意儿，差不多在2020年4-6月达到流行率巅峰，之后就慢慢绝迹。如果我们姑且同意B.1.1.529起源于免疫缺陷病例长期感染这个假说的话呢，那么这次长期感染，很有可能就经历了一年甚至更久的文火慢炖，才最终炼出毒王。（当然了，B.1.1.529可能还有一丢丢跨物种回传的痕迹，这个以后另外说）

所以现在问题来了。南非差不多有超过1千万人处于潜在的免疫缺陷状态（通过HIV流行率随口盲猜的），非洲以及全世界其他地方的免疫缺陷人口更多得多。他们当中的每一位，都是定时炸弹，都有可能维持长达一年以上的长期感染。这些定时炸弹拿B.1.1这样的上古弱鸡毒株当种子，养上一年，都有可能开出B.1.1.529这种程度的惊吓盲盒，那么如果有定时炸弹拿Alpha或者Beta这样的VOC做种子，养到明年的话，到时候会开出怎么样的惊吓盲盒呢？
更不用说，B.1.1流行的那阵，市面上几乎没啥单抗可用，而到了今天，在世界上某些奇葩地方，滥用单抗就如何吃饭喝水一样……
所以，各位不要以为B.1.1.529就是最大的……

spid

spid 发表于 2021-11-29 11:17
自媒体写的一篇关于新毒株omicron的文章， 自媒体的文章一般写得比较有趣。
omicron毒株是不是像delta那样 ...

作者取名叫焦虑怪，确实是有些焦虑，我国对疫苗的宣传主要是防重症和致死，一直并非防感染， 所以发现完全接种者感染了， 这也不是什么大事， 其实早就发现这些疫苗不能完全防止感染。至于变异毒株， 大自然总是不断生成新东西的，这病毒也不例外。今年早些时候印度的疫情那么糟糕，现在已经日趋平稳了， 印度很可能是第一个实现群体免疫的，据检测新德里人群的新冠抗体阳性率已经超过95%了，所以也无需过度焦虑，大自然是动态平衡的，否则人类早就无以为续了。

最近在看西班牙流感病毒。 1922年疫情过后，美国的人均寿命从 51 岁降到了 39 岁，感叹一下，100年前，人的寿命比现在要少30多年，这些年来，医学进步对人类生活影响显而易见，感谢科学。

spid

路透社1月4日消息，世卫组织专家阿卜迪·马哈茂德（ Abdi Mahamud）周二表示，有更多证据表明，奥密克戎毒株正在影响上呼吸道，引发症状比此前发现的毒株要轻。
被问及是否需要针对奥密克戎毒株的特异性疫苗时，马哈茂德表示：“现在给出答案还为时过早，但这一决定需要全球协调，不应该由商业部门单独决定。”
据外媒报道，一系列对动物和人体组织的最新研究首次解释了背后原因——奥密克戎对肺部造成的伤害要小得多，主要在上呼吸道“发力”。柏林卫生研究所（BIH）计算生物学家罗兰·艾尔斯表示，“可以说，一种主要在上呼吸道系统显现的疾病正在出现。”
新冠疫情已持续近两年的时间，其成了人们生活的一部分。新冠病毒变种在变弱，这无疑给疲于疫情的人们一点新年的新希望。世界卫生组织（WHO）总干事谭德赛博士也在新年声明中表示，他对2022年战胜新冠病毒大流行“持乐观态度”。
奥密克戎成了"上呼吸道疾病"？
去年11月，当奥密克戎最早在南非被报出现的时候，科学家们只知道它有着50多种基因变异，但是不能只基于变异来预测它到底同早期变种有什么不一样的表现。
过去一个月以来，全球多个研究团队观察并研究了奥密克戎变种，了解其特性。在科学家们开展研究工作的同时，奥密克戎迅速席卷了全球，轻易就感染了那些接种过疫苗或此前有过感染史的人。但是，尽管奥密克戎的感染病例暴增，入院率却不高，相对其他变种造成的重症也少。近日发表的多个研究也得出了相同的结论，奥密克戎确实比德尔塔等变种变温和了。
奥密克戎为什么相对较弱？12月29日，日本和美国的科学家们发现，对老鼠和仓鼠的多项研究表明，奥密克戎造成的感染伤害性小得多，往往主要局限于上呼吸道：鼻子、喉咙和呼吸道；而且对肺部的伤害要小得多。而此前的新冠病毒变种往往会造成肺部伤害和严重的呼吸困难。研究还发现，奥密克戎感染的动物损失的体重更少，死亡率也更低。
奥密克戎更温和可能是个解剖学问题。华盛顿大学病毒学家迈克尔·戴蒙德博士和他的同事们发现，仓鼠鼻子中含的奥密克戎病毒的水平与感染早期新冠病毒的动物相同，但是其肺部的奥密克戎病毒水平只有其他变种的十分之一，甚至更少。
香港大学的研究人员也有类似发现。他们研究了手术过程中从人体呼吸道中取出的部分组织，还发现奥密克戎在12个肺部样本中的生长速度比德尔塔和其他变种都更慢。
研究人员还研究感染了支气管组织，即将空气输送到肺部的管道，结果发现奥密克戎在这些支气管细胞内的生长速度比德尔塔或原本的新冠病毒更快。
科学家们也表示，这些发现还需要进一步研究，如在猴子身上进行试验，或检查实际感染了奥密克戎的人类的呼吸道；一旦得到进一步佐证，就能解释为什么奥密克戎感染的入院率比德尔塔和其他变种更低。
奥密克戎为何难以侵入肺部？
剑桥大学病毒学家拉文德拉·古普塔(Ravindra Gupta)教授的团队可能为奥密克戎在肺部没有“发力”提供了分子层面的解释。
据悉，肺的很多细胞表面携带了一种名为TMPRSS2的蛋白质，而这种蛋白质会帮助病毒进入肺部细胞。古普塔博士的团队发现，这种蛋白质却不怎么能帮到奥密克戎，抓不牢。因此，奥密克戎以这种方式感染肺部细胞的能力就比德尔塔要差。英国格拉斯哥大学的一个研究团队也独立得出了同样的结论。
同时，病毒也能通过另一种途径感染那些不制造TMPRSS2蛋白质的细胞，位于呼吸道较高位置的细胞往往就不携带这种蛋白质，而这可能也解释了为什么奥密克戎在呼吸道的水平更高。
古普塔博士推测，奥密克戎已经变成了“上呼吸道疾病”，主要在喉咙和鼻子里破坏。而这也意味着这个变种更容易以飞沫的形式被排到空气中，并遇到其新的宿主。
12月30日，美国的单日新增确诊就超过了70万例。而这些新研究解释了奥密克戎为什么主要导致轻症，但还没有真正解决其传播力强的问题。科学家们已经知道，奥密克戎的传染性强部分原因来自其逃避抗体的能力，因此能比其他变种更容易地感染接种人群，但奥密克戎可能还有其他的生物学优势。
上周，有研究人员报称，该变种的一个变异可能削弱了人体的先天性免疫。那是一种警报系统，会在病毒进入鼻子、出现第一个入侵迹象时就迅速激活人体免疫系统。但这也还需要更多的试验验证。
不过，奥密克戎的传播性强“答案可能很简单，比如人的唾液和鼻腔中的病毒要多得多”。宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的病毒学家莎拉·齐瑞博士补充道，也可能是其他原因，比如它在空气中更稳定，或有着更好的感染新宿主的能力。