新冠病毒研究报道及疫情进展

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巴斯德研究所：法国疫情非中国输入引发 (图)

来源：倍可亲(backchina.com)

　　◎ 科技日报驻法国记者 李宏策

　　4月28日，巴斯德研究所发布新闻公告，该所已完成“法国输入性与早期传播病毒的朔源分析”相关研究，研究结果于近日以预发表发布在bioRxiv.org网站。

　　根据该研究，法国暴发的新冠肺炎疫情并不是由1月份来自中国的输入病例引起的，也并非来自意大利，而是来自一种在当地传播的来源不明毒株。该研究由法国国家呼吸道感染病毒参考中心主任西尔维·范·德维尔和巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牵头。

　　根据巴斯德研究所提供的新闻稿，继去年12月武汉市出现新冠肺炎疾病后，法国于1月10日开始病毒监测，由巴斯德研究所和法国呼吸病毒研究所（NRC）负责启动密切关注流程。

　　法国于1月24日发现首例新冠病毒感染者，这也是欧洲首例新冠肺炎患者，另有其他两例中国输入性病人也很快被检测和收治。法国政府迅速采取措施，追踪了这些患者的密切接触者，阻止了病毒的进一步传播。1月份的中国输入病例没有在法国引发局部传播，显示出法国采取预防病毒扩散系列措施的有效性。

　　法国采集的新冠病毒样本均储存在国家呼吸病毒研究所，巴斯德研究所RNA病毒进化基因研究组对97份法国病毒样本进行了基因测序与比对。

　　样本主要为鼻咽拭子和痰液，采样时间为1月24日至3月24日。法国该阶段确诊病例22302人，死亡1100人，疫情主要流行于法国北部。

　　全部样本均采自于有临床症状的确诊患者，同时将籍贯、旅行史、发病时间、病毒载量和采样部位纳入基因比对内容。另有3份来自阿尔及利亚病毒样本。

　　　　根据欧洲精准医疗平台首席科学家鞠丽雅对该溯源研究的解读，图中显示：

　　1、取自法国东南部并有意大利旅行史的病毒株（GE1583，B2340）与法国北部的不同，但和意大利北部流行株类似，而且没有在法国流行；

　　2、法国首例武汉患者（IDF0372），其单核酸多态性 G22661T是独有的，与法国的所有病毒基因不同；

　　3、法国北部地区的代表性病毒基因为 GE1973 （东大地区）， IDF2849（大巴黎地区） 和 N2223 （诺曼底地区）；

　　4、有欧洲旅行史的代表基因为 IDF2792；

　　5、3份取自阿尔及利亚的病毒株与法国北部流行株同源。

　　巴斯德研究所将法国检测的样本序列与全球共享流感数据倡议组织（GISAID）发布的338份新冠肺炎病毒序列进行比对和溯源分析，并建立病毒进化树图谱。

　　对比研究表明，法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株，两种病毒来自同一个“祖先”，但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支，和来自中国和意大利的输入病例都不相同。

　　法国现今流行的病毒样本中，最早一个样本是2月19日从一名患者身上采集的，该患者没有国内外旅行史，也没有和海外归国的旅行者接触过。该患者于2月25日去世，随后法国出现大规模疫情潮。

　　

　　鞠丽雅对科技日报记者表示，从图中可以看到：

　　来自亚太地区（包括湖北武汉）的病毒株与法国病毒株没有关联；

　　来自美国病毒株与法国的关联不大；

　　法国北部流行病毒株（不同地区有不同彩色）均出自于同一原始株。

　　用通俗的话来解释，法国新冠病毒是一个历史久远的大家族，和中国武汉的病例相隔甚远。

　　综合上述结果，巴斯德研究团队提出，由于最有代表性的基因型的最早病例并没有旅行史，意味着早在2月份欧洲疫情爆发之前，已经有病毒在法国和欧洲其他国家“悄然”流行，且大部分是轻症或无症状，因而长时间未被发现。这项工作为法国病毒溯源提供了线索，并强调在无症状病例大量存在的情况下，遏制病毒传播面临挑战。

　　巴斯德研究所指出，许多国家的病毒取样工作仍然不完全，因此无法精确估算出法国新冠病毒的来源或输入时间。

　　蒂安·西蒙·洛里埃指出，“根据我们的首次观察，法国流行的新冠病毒感染与无症状病例有关。对不同地区的新冠病毒进行测序很重要，以便能更好地了解法国新冠病毒的流行轨迹。”

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https://med.sina.com/article_detail_103_1_81916.html
新研究揭示：去年10月新冠病毒已开始传播来源：生物探索　2020-05-09

根据世卫组织最新实时统计数据，全球确诊新冠肺炎（COVID-19）病例超376万，死亡病例近26万。新型冠状病毒（SARS-CoV-2）仍在继续传播，然而关于病毒最早出现的时间，目前仍无定论。

5月6日，由伦敦大学学院遗传学研究所的研究人员领衔带来的一项研究报告显示，SARS-CoV-2最早可能在2019年10月已经从中间宿主跳到人类，并且由此引发的全球大流行在2019年12月底已经开始。该报告以预校稿的形式在线发布于国际医学期刊《Infection, Genetics and Evolution》上。https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351

这份报告提出的观点与三天前发布在《International Journal of Antimicrobial Agents》上的短篇通讯论文不谋而合，后者通过一名去年年底出现流感样疾病的法国患者实际上感染了SARS-CoV-2的事例，推断出SARS-CoV-2可能早就已经在全球范围内传播。
https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.106006

自2020年1月份第一个SARS-CoV-2基因组序列发布以来，目前全世界已经有成千上万个共享的病毒基因组序列。

截至4月19日，伦敦大学学院遗传学研究所的研究人员从“全球流感数据共享计划（GISAID）”数据库下载了7710病毒基因组数据，经筛选后，使用其中7666个基因组数据组成了数据集，并使用遗传进化树描述了这些病毒基因组的进化与采集时间之间的关系。

通过TreeDater软件，研究人员估计原始病毒于2019年10月6日至2019年12月11日期间出现，也就是说，病毒可能早在去年10月份就已经开始在人群中传播。这与COVID-19流行的最初时间相对应。

该报告的通讯作者、伦敦大学学院遗传学研究所的François Balloux说：“这排除了SARS-CoV-2在被发现之前的很长一段时间里就已经在传播并感染了大部分人的假设。”

在进一步分析中，研究人员发现，来自英国、美国、冰岛、澳大利亚等大多数国家的SARS-CoV-2基因组多样性基本概括了7666个基因组数据集中COVID-19的全球多样性，这说明这些本地流行病都是通过大量独立的病毒基因组传播而引起的。

随后，研究人员确认这些病毒基因组中存在198个复发突变（recurrent mutations），其中将近80％的复发突变在蛋白质水平上产生了非同义的变化，说明病毒可能还在持续进化以适应新的人类宿主。

Balloux认为，任何试图找到“零号患者”的努力都是徒劳的，因为病毒几乎“无处不在”，存在太多的“零号患者”。

在文章的最后，研究人员提到，重要的是以这种方式继续监视SARS-CoV-2的演变并将结果提供给学界，这对于识别SARS-CoV-2中出现和传播的关键复发突变大有裨益，对于疫苗和药物的研发也至关重要。

参考资料：

[1] Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2.  https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351

[2] Coronavirus quickly spread around the world starting late last year, new genetic analysis shows. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.106006

[3]英国研究：新冠最早始于去年十月，“所有国家几乎同时传播”.

[4]SARS-CoV-2 was already spreading in France in late December 2019.

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            新冠正在失去毒性？多国新感染者几乎无症状                          2020-05-31 16:48              科技生活快讯

            
         
                                      希望来了。
  时至29日，全球新冠感染人数已近590万人，经历4个月的“奋战”，新冠病毒不但没有在地球上消失，疫情还时不时呈现反复爆发的情况。被压抑已久的人们在焦灼中等待着希望的来临。近日，意大利科学家就发布了一个“好消息”——研究显示，新冠病毒的毒性正在减弱，越来越多的新感染者趋向于轻症或无症状！
发布这个重磅研究报告的是意大利病毒学会主席、布雷西亚医院微生物科负责人阿纳尔多·卡鲁索(Arnaldo Caruso)教授。他和团队从新冠病毒中成功分离出一种Sars-CoV-2变体，并观察到该病毒的强度正在变弱。发布这个重磅研究报告的是意大利病毒学会主席、布雷西亚医院微生物科负责人阿纳尔多·卡鲁索(Arnaldo Caruso)教授。他和团队从新冠病毒中成功分离出一种Sars-CoV-2变体，并观察到该病毒的强度正在变弱。


  “因此我们将该病毒分离出来，发现它比以前的病毒弱得多。随后我们将它与健康的细胞接触使其对健康细胞进行攻击，发现它甚至无法杀死所有细胞。”同时，教授还发现，过去几个月分离出来的病毒，通常能够在2至3天内攻击所有细胞，而最近分离出来的病毒，需要至少6天的时间才能攻击所有细胞。教授由此认为，这些减弱程度高的病毒变体，很有可能会成为新冠病毒的未来趋势——未来的新冠感染者可能症状非常轻微，几乎察觉不到。与之前相比，病毒载量也会变小。
因此，他提出了之前一个比较流行的说法：所有呼吸道病毒都有季节性感染的特点。


  当盛夏来临时，或许新冠病毒可能会消失。事实上，有关新冠病毒毒性减弱的现象，新加坡一个研究团队也推出了类似观点。生物医学预印杂志bioRXiv发表的一篇论文显示，在新加坡检测到的新冠病毒阳性患者中，有多名患者体内的新冠病毒毒株出现了一段382碱基的缺失。


  而根据2003爆发的SARS历史数据， SARS病毒在疫情后期也出现了类似情况，导致了SARS病毒毒力作用的减弱，使得病毒更适合和宿主共存。不过，病毒毒性减弱并不代表它已消失或不会再来。Caruso就警告，几个月后等到天气变冷，病毒可能会再次回归。


  看来，这场战疫，希望还在疫苗。今天倒是有两个与新冠疫苗有关的好消息——美国制药巨头辉瑞 (Pfizer)本周宣布，最快能在10 月底提供数百万剂疫苗。
辉瑞执行长 Albert Bourla本周二表示，公司计划在 9 月前，将新冠肺炎疫苗的人体试验扩大至数千名受测患者。辉瑞与德国制药商 BioNTech 合作共同开发出实验性病毒疫苗BNT162，并已于上周二展开第一批人体试验。该公司目前正在测试四种不同的疫苗变体。如果试验结果证明 1 至2 种疫苗变体有效，公司就会扩大试验力度，并在 9 月份启动大规模的研究，估计将有成千上万名受测者参与。AlbertBourla 说：“若一切顺利，美国食品暨药物管理局 (FDA) 和欧洲药品管理局(EMA) 和其他监管机构也抱持相同看法，那么我们将能在 10 月份，提供数百万剂疫苗。”他补充，疫苗有望于年底前在美国量产分销，并预计 2021 年疫苗剂量可能提升至数亿。


  据世界卫生组织的数据，截至4月30日，全球有100多种疫苗在开发中，至少有八种候选疫苗已进入人体试验阶段。与此同时，中国也传来重磅消息：中国国药集团新冠疫苗进入2期临床，目前未出现明显不良反应。预计年底或明年初就能上市。报道指出，已有临床数据显示，疫苗安全性、有效性得到充分验证，不良反应发生率和程度均远低于已上市各类疫苗。其他“种子疫苗”的进展包括：
  中加合作的康希诺CanSino疫苗，1期数据良好，正在展开2期；
  牛津疫苗，4月已启动人体试验，试验未完成就接到大量订单，目前正在招募1万志愿者参与下一阶段试验；
  美国强生旗下的杨森疫苗，将在9月开展1期临床试验；法国和英国联手开发的疫苗，计划下半年展开1期。


  到目前为止，新冠疫情已经导致全球36万人失去生命，世界经济受重创，人们的生活发生翻天覆地的变化。随着疫苗方面的好消息越来越多，这场与时间的赛跑也让我们看到了希望。


  坚持，曙光就在前面了！

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北京疫情传染性似高于武汉 但中国防控经验已足够丰富
http://news.sina.com.cn/c/2020-06-15/doc-iirczymk7175369.shtml

　  [环球时报-环球网报道 记者 倪浩]北京近期的疫情反复让人始料未及，且带来了多个未解之谜。其中最让人关注的是病毒来源问题。目前国内权威专家基于实验室检测结果，初步判断病毒有可能来自欧洲，甚至美洲。异于中国本土流行的新冠病毒，为中国疫情防控带来了新的挑战。

　　15日下午，武汉大学医学部病毒研究所杨占秋教授接受《环球时报》记者采访时表示，北京新发地4天内确诊79个病例，说明北京新发地发现的新冠病毒传染力有可能强于武汉华南海鲜市场；采访中，他还认为若病毒是从海外经冷鲜生物类产品输入，那么“外防输入”中所包含的内容就要扩大到对这些产品的海关检疫上；另外，病毒类型不同，对疫苗研发也有影响，杨占秋认为这增加了疫苗研发的难度。

　　北京市疾控中心新冠肺炎疫情防控专家组成员杨鹏日前表示，通过全基因组测序发现病毒是从欧洲方向来的，初步判定与输入性有关。15日，中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友表示，病毒“肯定不是北京原发地发生的，是从外地引进的”。他判断病毒“更像欧洲的”，来自欧洲或者是美洲。

　　15日，杨占秋向《环球时报》分析说，如果确诊病例感染的病毒类型与新发地市场环境中采样的病毒类型完全吻合，且都来自欧洲，那么病毒通过食品或者人从欧洲“带进”中国的指向就比较明确了。基于此，杨占秋倾向于将北京新发地暴发的局部疫情定义为输入性疫情。

　　杨占秋解释说，“对病毒进行全基因组测序就如同给人类进行DNA鉴定一样，孩子的父母到底是谁？来自如里？检测结果比较确定。”另外，杨占秋指出，病毒基因型短期内不会发生变异，变异一般发生在两三年后，至10年20年。而不同的病毒检测结果表现为不同基因型，检测人员很容易辨别其中区别。

　　中共中央政治局委员、国务院副总理孙春兰14日召开国务院联防联控机制会议强调说，此次聚集性疫情与新发地农产品批发市场高度关联，市场人员密集、流动性大，疫情扩散的风险很高，要采取坚决果断措施，切实防止疫情扩散蔓延。中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友15日下午接受采访时也表示，“在全国疫情基本上阻断了各类传播的形势下，北京突然出现爆发性的、短时间内集中出现的病例，这是形势严峻。”

　　根据国家卫健委发布的数据，11日起的四天内北京共确诊了79例病例。那么若病毒确定来自欧洲，会对北京的疫情防控带来哪些挑战呢？

　　首先，杨占秋认为，与年初武汉华南海鲜市场疫情对比，北京新发地两天就检出超过70例病例，说明病毒的致病性和传播力强于武汉。杨占秋认为，判断病毒致病性和传染性的强弱，要看暴露在某一环境下的发病人数和时长。他告诉《环球时报》，武汉卫健委12月底开始有官方通报，至2020年1月17日，报告确诊病例累计达到62例，接近于北京目前的新增确诊人数。杨占秋认为，北京用了四天时间确诊了79例病人，虽然检测样本足够大，技术能力也较强，但是这个数据仍然有些出乎意料；另外，武汉疫情爆发时正处于冬季低温期，有利于病毒传播。而眼下的北京正处于夏季高温，并不利于病毒扩散。除此之外，杨占秋还认为，武汉早期报告的病例中有相当病人没有华南海鲜市场的暴露史。基于上述因素进行综合判断后，杨占秋表示，“病毒在进化中传染力有时会增强，有时也会变弱，但是我认为北京新发地市场发现的新冠病毒的传染性已强于武汉华南市场了。”

　　但不同在于，中国已积累和建立了丰富的防疫经验和强大的联防机制，迅速采取措施对疫情进行了控制。另外，杨占秋认为，病毒类型不同对于疫苗的研发带来了新的难度。“毫无疑问，病毒基因型不同，会导致疫苗效果减弱甚至无效。这意味着疫苗既要对中国流行的病毒有效，又对欧洲流行的病毒有效，增加了疫苗研发的难度。”

　　另外，病毒类型不同导致不同症状或增加治疗难度，目前还未见证实。但杨占秋比较明确的认为，欧洲基因型的病毒不会对新冠肺炎有效药的研发产生影响。

　　对于众说纷纭的病毒溯源问题，杨占秋判断说，过往研究表明，冠状病毒不会感染鱼类等水生生物，三文鱼作为中间宿主的可能性几乎没有。他倾向于水产品或者牛羊肉、禽肉等在国外被加工过程中被病人污染，后经冷链运输被带入中国。作为病毒研究专家，杨占秋提示说，“中国已有效控制住了疫情，但没有想到北京突然又遭遇一波局部疫情的考验。中国的防疫重点一直放在海外人员的境外输入上，现在对进口农产品的海关检疫也应该足够重视。”

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spid 发表于 2020-6-16 13:45
北京疫情传染性似高于武汉 但中国防控经验已足够丰富http://news.sina.com.cn/c/2020-06-15/doc-iirczymk71 ...

来势汹汹， 得重视， 避免意大利伦巴第状况重演。

这一段"病毒基因型短期内不会发生变异，变异一般发生在两三年后，至10年20年。而不同的病毒检测结果表现为不同基因型，检测人员很容易辨别其中区别。", 与本贴12#， 21#似乎矛盾。前面的楼纷纷指出病毒发生多种变异，从而出现了不同基因型， 这说2-3年才能产生有效变异，这似乎对不上。到底谁说的更贴近自然真相，这个需要更多专家的前沿观点。

欧洲型新冠病毒传染率和致病率高于中国早期新冠病毒，从早期欧洲新冠高速传播已有端倪。
中国医疗优势是医生实践经验丰富，但设备，人均资源都是落后的，西方发达国家再不济，设备和人均资源都优于中国，如果是同一型病毒，没理由欧洲国家发病率和致死率远远高于中国。如果发病率尚可用人群管制不同来解释，致死率差异巨大是说不过去的。武汉地区致死率数据偏低，但中国其他省份致死率的水分并不大，所以确实存在实质差距。没有理由德国这样的国家在人群管控和设备和医护足够的情况下，整体致死率仍远高于中国，病毒本身有差异是更为合理的解释。

如今欧洲病毒回传中国后，同是汉人的两组条件更为接近，专家有了更多可比数据做出研判。机场、口岸输入的应该大都也是欧洲型的，但管控到位，非自由传播，数据不具有可比性。

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CNN：研究证实，“变异版新冠病毒”已从欧洲蔓延至美国，传播速度更快

  新冠病毒 突变 了？据美国有线电视新闻网（CNN）3 日报道，一项全球研究发现，一种 变异版新冠病毒 已经从欧洲蔓延到美国。报道称，变异后的病毒传播速度更快，但 致病性 没有增强，不会使病情加重。
CNN 称，参与这项研究的拉荷亚免疫学研究所专家埃里卡 奥利曼 萨菲尔 ( Erica Ollmann Saphire ) 表示： 现在它（变异版新冠病毒）是感染人类的主据报道，这项研究结果已经被发表在国际知名期刊《细胞》 ( Cell ) 杂志上。研究表明，通过基因序列的共享信息显示，某种变异版本的病毒正在传播。

CNN 称，研究人员将新的突变称为 G614。他们表明，它几乎完全取代了此前在欧洲和美国传播的第一种被称为 D614 版本的病毒。研究人员还表示，新版本病毒的传染性比此前版本高出 3 至 9 倍，并且似乎在上呼吸道、鼻子、鼻窦和喉咙等部位繁殖得更快。

报道称，目前，研究小组不仅检查了更多的基因序列，而且还在实验室培养皿中对人、动物和细胞进行了实验，结果显示突变后的病毒更常见，而且比此前的版本传播速度更快、更具传染性，但并不使病情变得更严重。

洛斯阿拉莫斯国家实验室的理论生物学家贝特 科伯 ( Bette Korber ) 和他的同事们在一份报告中写道： 我们的全球跟踪数据显示，G614 变体比 D614 传播得更快。 报告补充说： 我们对此的解读是，这意味着该病毒的传染性很可能变得更强。 但他同时表示， 有趣的是，我们没有发现 G614 致病性更强的证据。

报道最后，CNN 援引研究人员说，突变后病毒的 致病性 没有更强，这可能对人们来说是个 好消息 。但后续依旧需要进行更多工作来来巩固这项研究结果。此外，病毒也有可能在此次突变的基础上再出现另一次突变， 我们需要保持警惕。

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外媒：研究称T细胞反应对消除新冠病毒有积极作用
https://baijiahao.baidu.com/s?id ... r=spider&for=pc
T细胞是一种专门识别病毒的白细胞，是免疫系统的重要组成部分。据路透社7月14日报道，最近多项研究发现，新冠病毒感染者体内能够很快产生攻击病毒的T细胞，并且随着时间推移，产生的T细胞会越来越多。研究人员希望它们能够在应对新冠病毒疫情方面发挥积极作用。

据报道，对T细胞的分析比新冠病毒抗体检测要复杂得多。另外，有关T细胞攻击新冠病毒的研究规模都很小，外部专家也尚未对此进行评估。但研究人员表示，无论是针对新冠病毒的轻症患者还是无症状感染者，都可以通过T细胞反应来消除病毒感染。

另据路透社此前报道，一家苏格兰生物技术公司上月底曾表示，该公司将开始进行T细胞疗法临床试验，将该疗法用于治疗新冠肺炎，目的是减少住院患者对重症监护的需求。
在法国进行的一项小规模研究里，研究人员对新冠病毒感染者以及与其有过密切接触的家人进行了调查研究。根据研究发现，在8名研究对象中，有6人出现了T细胞反应，虽然他们的新冠病毒抗体检测并不是阳性。

另外，在瑞典的一项以200名患者为对象的研究中，研究人员发现，无论他们是否出现抗体反应，一半以上的无症状感染者和轻症患者都出现了T细胞反应。瑞典传染病医学中心助理教授马库斯·布格特说：“我们的研究结果显示，与能够检测到体内抗体的人群相比，体内有T细胞免疫力的人数是其两倍。”

在美国拉霍亚免疫学研究所传染病中心，丹尼拉·魏斯科普夫教授及其同事从10名新冠重症患者中收集了外周血单个核细胞。这10名患者的年龄在49至72岁之间，其中女性4例，男性6例，入院时间都在3周以内。

研究人员旨在捕获出现病毒反应性的T细胞，最终发现10名患者中2人有新冠病毒反应性T细胞。基于这一发现，研究人员指出了未来工作前景，包括研究健康对照组中先前存在的新冠病毒特异性T细胞与新冠肺炎防护之间的关系，以及确定导致细胞因子风暴的T细胞类型。

拉霍亚研究所传染病和疫苗中心主任亚历山德罗·赛特教授表示：“当人感染了新冠病毒之后，无论其是否会出现抗体反应，无论其抗体反应是强是弱，T细胞反应都是一个很好的证据。而且越来越多的研究证明了这个结论。”

红星新闻记者 王雅林 罗天

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spid 发表于 2020-7-15 10:09
外媒：研究称T细胞反应对消除新冠病毒有积极作用
https://baijiahao.baidu.com/s?id=1672196862804716159& ...

Cell：在新冠肺炎患者和未感染者中发现针对新冠病毒的T细胞
https://xw.qq.com/cmsid/20200515A0CWAZ00

北京时间5月15日，发表在《Cell》上的一篇新研究中，来自美国拉霍亚过敏和免疫学研究所的研究团队发现，受感染的人体内含有针对新冠病毒的T细胞，可能有助于他们康复。而且，在一些从未被感染过的个体中也检测到具有这些细胞防御能力，很可能是因为他们以前感染过其他冠状病毒。

哥伦比亚大学病毒学家Angela Rasmussen说：“这是令人鼓舞的数据。尽管这些研究没有阐明清除新冠病毒感染的人能否在未来抵御病毒，但它证实了T细胞对病毒的强大反应，这预示着长期保护性免疫的发展。这些发现也可以帮助研究人员开发出更好的疫苗。”

目前正在研发的一百多种新冠病毒疫苗主要针对另一种免疫反应——抗体。这些蛋白质是由B细胞产生的，理想情况下，它们会附着在新冠病毒上并阻止其进入细胞。相比之下，T细胞以两种不同的方式阻止感染。辅助性T细胞刺激B细胞和其他免疫细胞发挥作用，而杀伤性T细胞则靶向并摧毁受感染的细胞。疾病的严重程度取决于这些T细胞的反应强度。
在这项新研究中，拉霍亚过敏和免疫学研究所的免疫学家Shane Crotty和Alessandro Sette领导的一个研究团队利用生物信息学工具，预测了哪些病毒蛋白片段会引起最强大的T细胞反应。然后，他们将10名从轻度新冠肺炎中康复患者的免疫细胞暴露在这些病毒片段中。

所有患者均携带识别新冠病毒刺突蛋白（S蛋白）的辅助性T细胞。S蛋白就像一把钥匙，而细胞上的ACE2受体则像一把锁，钥匙打开了锁，使病毒侵入人体细胞。他们还带有与其他新冠病毒蛋白反应的辅助性T细胞。研究团队在70%的受试者中检测到了病毒特异性T杀伤细胞。
Sette说：“免疫系统看到这种病毒，就会做出有效的免疫反应。”
此外，4月22日，德国查理特大学医院的免疫学家Andreas Thiel和他的同事在预印本网站medRxiv（未经同行评议）上发表了一篇研究论文，描述他们在18名新冠肺炎住院患者的15名患者中鉴定出靶向S蛋白的辅助性T细胞。

研究团队想了解，没有感染新冠病毒的人是否也会产生对抗这种病毒的细胞。Thiel及其同事分析了68名未感染者的血液，发现34%的人拥有识别新冠病毒的辅助性T细胞。
拉霍亚团队在2015至2018年间采集的大约一半储存血液样本中检测到了这种交叉反应，而这时间远远早于当前的大流行。研究人员认为，这些细胞可能是由过去感染导致人类感冒的四种冠状病毒中的一种所引起的。因为这些病毒中的蛋白质与新冠病毒相似。

美国爱荷华大学的病毒免疫学家Steven Varga说：“这些研究告诉我们，很大一部分人能对付这种病毒的一个原因是，我们过去接触的普通感冒病毒，可能会残存一些免疫力。”
然而，这两项研究都没有证实具有交叉反应的人不会因此而免受感染。
在这些研究之前，研究人员并不知道T细胞是否在消灭新冠病毒中发挥了作用，甚至不知道它们是否会引发危险的免疫系统过度反应。
Rasmussen说：“这些论文真的很有帮助，因为它们开始定义免疫反应的T细胞组分。”但她和其他科学家警告说，这些结果并不意味着从新冠肺炎中康复的人可以免受再次感染。
Crotty指出，为了激发抗体的产生，针对新冠病毒的疫苗需要刺激辅助性T细胞。他说：“令人鼓舞的是，我们看到辅助性T细胞在新冠肺炎病例中对新冠病毒的良好反应。”
北卡罗莱纳大学教堂山分校的分子病毒学家Rachel Graham说，研究结果对疫苗设计还有其他重要的意义。大多数正在开发的疫苗旨在诱导针对S蛋白的免疫反应，但这两项研究都确定了T细胞对几种病毒蛋白作出了反应。这表明让免疫系统对这些蛋白也有反应的疫苗可能更有效。“
Graham说：“重要的是，不要只关注一种蛋白质。”

参考文献：
1. T cells found in COVID-19 patients ‘bode well’ for long-term immunity
DOI：10.1126/science.abc8120
2. Targets of T cell responses to SARS-CoV-2 coronavirus in humans with COVID-19 disease and unexposed individuals
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.015
3. Presence of SARS-CoV-2 reactive T cells in COVID-19 patients and healthy donors
DOI: 10.1101/2020.04.17.20061440
本公众号由中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心承办

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英媒：科学家开始破解导致新冠肺炎重症的谜团
2020-09-17 07:20
新华社北京9月16日新媒体专电英国《新科学家》网站9月8日发表题为《我们终于开始破解导致严重新冠肺炎的谜团》的报道，内容摘编如下：

一种被称为缓激肽的失控的人体内肽类可能是人感染新冠病毒后出现各种不同甚至致命症状的根源。我们已经有了控制缓激肽的药物，现在正在进行新冠肺炎治疗试验。

缓激肽通常有助于调节血压，在一些人体内，新冠病毒似乎导致了缓激肽的过量产生。这会在体内产生一种“缓激肽风暴”，可能导致新冠肺炎中常见的一些症状。

东密歇根大学的雷努卡·罗奇说，这样一场风暴可以解释新冠肺炎的许多看起来脱节的症状，比如肌肉疼痛，女性症状有时比男性轻，非洲裔美国人更容易出现并发症等。

今年7月，由田纳西州橡树岭国家实验室的丹尼尔·雅各布森带领的一个研究小组发表了一项研究，他们在9名新冠肺炎患者的肺部液体样本中提取了基因表达数据，并将这些数据与没有患病的对照组的样本进行了比较。他们发现了导致缓激肽产生的基因过度表达，与此同时，产生抑制缓激肽水平的酶的基因表达又不足。

由于缓激肽会稀释血管，使血管更具渗透性，所以高水平的缓激肽会导致肺等富含血管的环境中的液体泄漏。它还可以打破血脑屏障，为新冠病毒某些令人费解的神经症状提供可能的路径。

加拿大不列颠哥伦比亚大学的约瑟夫·彭宁格说，考虑到我们对新冠病毒在人体内运行方式的了解，这种缓激肽假设是有道理的。他说，这种病毒通过ACE2受体侵入人体细胞，而ACE2受体也有助于控制缓激肽的水平。但由于病毒削弱了这些受体的可用性，缓激肽水平就可能会失控。

雅各布森的研究小组还发现了新冠肺炎患者肺部基因的一种过度表达，这种基因负责一种名叫玻尿酸的物质的编码。当玻尿酸与液体混合时（比如血管可能泵入肺部的液体），就会变成凝胶状。研究小组说，这就可以解释新冠肺炎的严重症状：呼吸困难。

幸运的是，有助于调节玻尿酸和缓激肽的药物早在新冠病毒出现之前就有了。2011年，美国食品和药物管理局批准抗炎药艾替班特用于治疗遗传性疾病血管性水肿的急性发作，这种疾病就涉及自身的缓激肽风暴。

目前美国和欧洲正在进行研究，以测试另一种缓激肽信号阻断药物拉那芦人单抗。

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10月23日，清华大学、北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、北京大学、中国科学院北京基因组研究所联合在《国家科学评论》发文，通过分析相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列，结合全面的流行病学调查和大数据分析，研究人员揭示，该疫情中病毒源头极有可能是境外疫情高发区的冷链进口食品，并提出，冷链运输或为新冠病毒传播新途径。
2020年6月11日，1例新冠病毒感染患者突现，打破了北京连续56天无新增病例的平静。该患者马上就被收治，病情也很快得到控制，但是他从何处感染了病毒，却成了一个谜。
结合指示病例的流行病学调查和大数据分析，通过对其所到地区和接触人员的排查，本市继而发现，2份来自北京新发地市场的环境样本呈现新冠病毒核酸阳性。随后，新发地市场538名员工接受病毒核酸筛查，又有45人呈阳性。新发地市场随即成为关注的焦点，北京市有关部门果断对该市场采取关闭措施，以有力遏止疫情的蔓延。
6月中旬，北京进一步推进核酸筛查，共发现368人新冠病毒核酸阳性。这些感染者均与新发地市场有直接或者间接关联：其中169人是新发地市场的工作人员，103人于5月30日至6月12日期间去过新发地市场，其余96人均为上述人员的接触者。未发现独立于该市场的早期传播链或独立传播链，提示新发地市场是此次疫情暴发的单一源头。
结合新发地市场流行病学调查，研究人员初步确定综合交易大厅地下一层（牛羊肉大厅）水产区S14号摊位可能是感染的源头：S14号摊位的7位工作人员均为新冠确诊病例，且症状出现时间相对较早。根据流行病学模型推断的疫情开始时间范围内，共有5位顾客新冠抗体检测阳性，且这5位顾客都到访过S14号摊位。这5位顾客及其密切接触者在过去14天内都未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员，进一步提示疫情是由新发地市场向外传播。
新发地市场聚集性疫情中的病例和环境样本中获得病毒基因组序列分析表明其病毒序列具有明显的突变特征，和我国之前所发现的本土及输入病例均不相同，揭示该次疫情应为单一性的境外输入。
研究团队进一步利用自主开发的低病毒载量样品处理方法，对110个病例和环境样本进行了高通量核酸测序，共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现，这些序列均具有8个特征性突变位点，这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T突变位点之外，具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些结果进一步提示本次疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。
新发地疫情中的病例和环境样本中获得病毒基因组序列分析表明其病毒序列具有明显的突变特征，和我国之前所发现的本土及输入病例均不相同，揭示该次疫情应为单一性的境外输入。
综合上述结果，同时确认S14号摊位的工作人员未接触过疑似或确诊新冠病毒感染者，且5月至6月初期北京也无报告新增感染病例，提示病毒极可能来源于境外输入。进一步调查显示，S14号摊位售卖的物品中冰鲜三文鱼是唯一来自境外的商品，且摊主曾于5月30日从某供应商处采买过从存在新冠病毒疫情国家进口、包装完整的三文鱼，在市场内切割处理后零售。为此，研究人员对新发地市场内所有三文鱼供应商的冷库进行了采样检测，发现某供应商有5份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性，其中1份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和环境样本中的病毒高度同源。
因未能从鱼体上分离获得活病毒，因此尚无法证明鱼体上的病毒活力。但是将高质量病毒基因组序列特征分析与流行病学调查结合，提示来自境外疫情高发区的冷链进口食品极有可能为本次新发地市场聚集性疫情病毒源头。在文章发表过程中，中国疾控中心报告从青岛获取的冷链食品中分离出新冠病毒，进一步提示冷链食品可能是新冠病毒传播的重要途径。研究对于揭示北京新发地市场聚集性疫情的病毒来源提供了重要证据，为优化疫情常态化防控策略提供了重要依据。
研究中，多家机构开展精诚合作。其中，北京市疾病预防控制中心新冠病毒肺炎防控和检测组参与完成现场调查、样本采集和核酸筛查。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟、任丽丽研究团队在P3实验室完成了样品的核酸测序前处理流程。清华大学王建斌课题组与北京大学黄岩谊课题组发展的快速基因组测序样品处理方法为本次疫情关键样品的准确快速病毒测序提供了技术基础和实验支持。中国科学院北京基因组研究所李明锟课题组完成了对关键样品序列的分析。
北京市疾病预防控制中心主任医师庞星火、主管医师吴双胜，中国医学科学院病原生物学研究所研究员任丽丽和中国科学院北京基因组研究所研究生马文泰为论文共同第一作者。
图片来自清华大学结构生物学高精尖创新中心公众号
来源：北京日报客户端 | 记者 任敏