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发表于 2023-8-9 05:40:19
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本帖最后由 avigan 于 2023-8-9 05:46 编辑
这几天在看以前的实验数据，一晃三年多了，当初因为对方提供的分析结果与我自己分析出来的出入很大，于是就搁置了。 对方说alignment匹配率有95%，而我这边出来的超低匹配率让我很懵。匹配用的工具不一样，虽然通常匹配率是相差无几的，这几天翻出看，决定用对方提到的star匹配看一下。
star工作流开发极为顺利，工具太好用了，全部资源程序设置，加上运行，不到半天完成了。一看结果，居然跟对方提供给我的很接近，这还真是喜忧参半，让人迷惑。之前的工作流也是被证明稳定工作的，按照多项评测，star和hisat2出来的匹配率是差不多的，何以我这边结果差别巨大，难道我的实验数据是有某种奇特的性质？打开数据看，看不出什么端倪，这让我陷入了冥思苦想，我怀疑我之前的匹配出了问题，命令行和流程都没问题，最后怀疑到引用的索引文件。那些索引是下载的，之前也是多次使用没问题的。下载参考基因组自己做了个索引，然后重新运行工作流，神奇的事情发生了，这次出来的结果与star相当接近。这还真是喜忧参半，喜的是数据没问题，90+的匹配率相当可以，之前以为又白花了一堆大洋，结果并不是；忧的是从来不动的索引文件居然莫名其妙不行了，这也太烧脑了。不过总的说来，还是个大好消息，数据可靠，只要数据可靠，分析就不是问题。虽然别人有个结果给，分析还是要自己做好些，不然怕丢人都不知道咋丢的，加上我的龟毛性格，经常多种方法多种工具多方论证，不怕没结果，就怕丢人。
今天又看了这批数据。我嫌前几天制作的索引用的是老版本genome，于是打算做个新版本的索引。做索引只用一个命令行，按说很简单，前次做索引就只用了一小会儿。脚本很简单，但找了一下好像已经被我删除了，烦人，又写了一遍。神奇的事情又出现了，运行错误，说找不到输入文件，于是我陷入了对输入文件的迷茫中。文件路径查了n遍，用各种方法查了，绝对没问题；查询文件属性，可读可写可执行；用各种工具打开查看编辑，一切正常。折腾了一个多小时，怀疑程序或者系统出错了，这就要动大刀了…… 在动大刀之前，我又苦思冥想了一下，何以前天行云流水忽然就不行了呢？最后看了一遍命令行，我去，bash的脚本，为了省点空间，跟R的写在一个文档里，然后混合编程的恶果出来了，语法的细微差别被忽略了。R给变量赋值后直接用，bash要加一个引用符才能用，写R写顺溜了就把bash命令行里面输入文件路径的引用符给忘了。而且结合结合上下文的R命令行看，还特顺溜，愣没看出来，所幸在打算给系统动大刀前忽然顿悟了。日常用Matlab做模型，R做分析，python开发程序，bash写脚本，各种语法混起来用那个酸爽。。。
发现我现在经常倒灶，比如浴室漏水了，钥匙圈掉下水道了，肉骨头倒进马桶堵塞了……五花八门，各种花样，但是结果基本是有惊无险，浴室漏水外面管道修了一下好了，钥匙圈取出来啥都没坏，U盘照跑，肉骨头用通马桶的掏了几下就掉下去了……，这个日子真是有滋有味，嘎嘎嘎。
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发表于 2023-8-4 13:26:48